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南方医科大学图书馆是广东省的医学数字化教育教学资源中心和广东省高校图工委医学专业分会主任委员单位。图书馆现由校本部和顺德两个馆区组成，总建筑面积44，661平方米。图书馆下设流通阅览部、文献采编部、信息技术部、参考咨询部、综合业务部和医学情报学教研室。目前，南方医科大学图书馆文献总量219.5万册，其中纸本书刊114万册，电子图书102万余种，电子期刊3万5千余种，拥有各类型网络数据库62种，形成了以生物医学文献为重点，外语、文学、计算机、军事、史地文献为特色，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的综合馆藏体系。图书馆实行藏、借、阅一体化的服务模式，拥有阅览座位4700个，研究厢40余间，读者用机180台，周开放时间达到98小时。校本部图书馆大楼实现无线网络全覆盖，环境优雅、舒适，为读者提供全方位、便捷的服务。
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