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环境规划院是直属于国家环境保护部的一个独立法人事业单位，主要承担国家中长期环境战略规划、全国环境保护中长期规划与年度计划、污染防治和生态保护等专项规划、流域区域和城市环境保护规划等理论方法研究、模拟预测分析、研究编制拟订、实施评估考核等技术性工作；承担中央财政专项资金项目技术咨询、技术服务和绩效评估等工作；承担全国污染物排放总量控制计划、规划及其实施方案等方面研究拟订工作，承担污染物排放数据分析及环境统计方法、总量控制制度政策、环境容量测算、排污许可、排污交易及气候变化等方面研究及技术支持工作；承担环境风险评估与管理、污染损害鉴定、经济损失评估等方面研究及技术支持工作；承担农村环境保护和农业源环境管理等与规划相关的技术支持工作；承担环境功能区划、生态功能区划等方面研究及技术支持工作；开展环境经济核算及与环境保护相关的财政经济政策、生态补偿政策、环境审计等方面研究工作。
环境规划院目前设有办公室、党委办公室、人事处、科技发展与国际合作处、总工程师办公室、计划财务处、战略规划部、环境政策部、水环境规划部、大气环境规划部、生态与农村环境规划部、公共财政与投资研究部、综合业务部、环境风险与损害鉴定评估研究中心、污染物总量控制研究中心等15个二级机构、环境工程部等1个企业化管理机构、环境规划与政策模拟重点实验室等1个环保部重点实验室，以及气候变化与环境政策研究中心、环境数据分析与应用中心、环境区划中心、重金属污染防治中心、环境保护投资绩效管理中心等5个研究中心。

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