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林业微生物中心是经中国微生物菌种保藏管理委员会常委会审议和国家科委批准成立的国家级林业微生物菌种保藏管理研究中心，也是中国微生物菌种保藏管理委员会下设的农业、工业、医学、兽医、药用及普通等7个国家级专业菌种保藏管理中心之一，现挂靠在中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所。
林业微生物中心设有菌种分离培养室、分子鉴定室、真菌和线虫实验室和分子生物学实验室及数据管理室，主要仪器设备包括冷冻干燥设备、超低温冰箱、Biolog微生物鉴定系统、液氮保藏设备、分子鉴定设备，以及常规分子生物学设备，主要负责全国林业微生物菌种资源的收集、保藏、管理、供应和交流，现已初步摸清了我国当时分散保藏于各单位的各类微生物菌种的种类、数量及研究和开发利用状况。
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